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Entretien avec Raquel Tavares et Gabriel Marais

Raquel Tavares et Gabriel Marais sont un couple de chercheurs français (UMR CNRS 5558/ Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive). Arrivés en septembre dernier pour une durée d’un an, ils nous parlent de cette nouvelle expérience et des projets de recherche qu’ils mènent à Lisbonne.

Raquel Tavares est maître de conférences en biologie à l’Université Claude Bernard Lyon 1, dans le domaine de la génomique végétale et l’évolution. Elle est portugaise, originaire de Lisbonne mais aussi française (naturalisée depuis 10 ans) et vit en France depuis 1994.

Gabriel Marais est directeur de recherches au CNRS en biologie, dans le domaine de la génétique et l’évolution. Il est français et originaire de la région parisienne.

Ils travaillent tous les deux dans l’équipe « Sexe et Évolution » au laboratoire Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE) sur le campus de la Doua à Lyon-Villeurbanne. Pour l’année universitaire 2019/2010, ils sont accueillis par l’Instituto Superior de Agronomia (ISA) de l’Université de Lisbonne.

 

Pouvez-vous nous présenter le projet de recherche sur lequel vous travaillez actuellement ?

RT : Je souhaite comprendre comment des modifications génétiques se répercutent au niveau de l’organisme au cours de l’évolution. Je m’intéresse plus particulièrement aux plantes. Je travaille sur l’impact de la duplication de gènes et de génomes (le fait qu’un gène ou un génome entier se dédoublent) sur l’évolution phénotypique des plantes (le phénotype ce sont les caractéristiques observables des organismes). Je collabore notamment avec des collègues spécialistes de ce qu’on appelle le métabolisme secondaire chez les plantes, c’est à dire la production de substances impliquées, par exemple, dans les résistances aux pathogènes et à différents stress environnementaux, mais aussi des composés aromatiques. Nous avons pu mettre en évidence que des duplications de certains gènes ont conduit à des innovations dans ce métabolisme.

GM : Mes recherches s’intéressent plus particulièrement à la biologie des sexes. Je cherche à comprendre comment le fait d’être mâle ou femelle est déterminé. Chez l’homme, la détermination du sexe est bien connue, elle repose sur les chromosomes sexuels XY et fait intervenir notamment le gène Sry. Chez d’autres espèces, et notamment un grand nombre de plantes à sexes séparées (dioïques), la détermination est très mal connue. Ces dernières années, je me suis focalisé sur les plantes dioïques. Avec des collègues nous avons mis au point des méthodes permettant d’identifier des chromosomes sexuels dans des espèces où ils ne sont pas ou peu connus, et ce de manière efficiente et à moindre coût. L’enjeu est de comprendre comment se fait la détermination du sexe chez les plantes et son évolution à l’échelle du vivant en comparant plantes et animaux. Il est également d’apporter des outils génétiques pour les plantes cultivées dioïques ou d’origine dioïque comme le papayer, le fraisier, la vigne, le kaki où il peut être important de maitriser la détermination du sexe.

Comment s’est déroulée votre coopération avec le Portugal et pourquoi avez-vous choisi de passer un long séjour à l’ISA – UL ?

RT : Je collabore depuis plusieurs années avec des collègues de l’INRA de Colmar sur des projets de génomique de la vigne (notamment sur l’évolution des gènes impliqués dans la production des arômes du vin). Un défi majeur qu’a à affronter la viticulture en France à l’heure actuelle, c’est le réchauffement climatique. Les cépages français ne sont pas adaptés à un climat plus chaud et plus sec, cela bouscule les procédés viticoles en France. Au Portugal, il y a une diversité de cépages impressionnante, environ 500, c’est à dire un peu plus qu’en France pour un territoire 5 fois plus petit. Le Portugal est beaucoup plus au sud que la France, et il y a des cépages portugais qui résistent très bien à la chaleur et à la sècheresse. Je souhaite identifier les gènes qui sont responsables de ces résistances. À l’ISA, il y a une grande connaissance des cépages portugais et de nombreuses ressources disponibles et il était naturel d’établir une collaboration avec eux pour développer ce projet. Je suis en train de mettre le projet en place avec Elsa Gonçalves, Luísa Carvalho et Antero Martins, professeurs à l’ISA. Tout est plus facile en étant sur place…

GM : En France, j’ai participé à un projet sur la vigne avec les collègues de Colmar et d’autres à Montpellier. Il s’agit de comprendre comment on est passé de la dioécie à l’hermaphrodisme pendant la domestication de la vigne. Nous avons pour cela séquencé le génome de la vigne sauvage (V. sylvestris) et appliqué une des méthodes que nous avons développé dans l’équipe pour obtenir la séquence des chromosomes X et Y de la vigne sauvage. La comparaison avec le génome de la vigne cultivée, qui était déjà disponible, a révélé les gènes qui ont changé sur le chromosome Y pendant la domestication. Nous souhaitons maintenant vérifier expérimentalement nos gènes candidats. Une équipe de l’ISA travaille justement sur ce sujet et nous souhaiterions collaborer avec eux pour continuer ce projet. Le fait de passer une année hors de son laboratoire, un peu en retrait, est aussi l’occasion de se focaliser sur la rédaction de projets ou d’articles, qui est plus difficile à réaliser dans l’effervescence qui normalement est notre quotidien. Il se trouve que j’ai justement beaucoup de rédaction à faire…

Aussi nous avons un lien privilégié avec le Portugal. Cette année est un retour aux origines à double titre pour Raquel. Elle est en effet de Lisbonne. Sa famille y vit et elle a conservé de nombreux amis portugais. Il se trouve qu’elle est aussi ancienne élève de l’ISA. Notre séjour a été un projet construit avec toute la famille. Notre fils, Gaspar, est bilingue et cette année au Portugal sera l’occasion de perfectionner son portugais, de passer du temps avec sa famille portugaise et de renforcer les liens avec son deuxième pays.

Quels mécanismes de coopération avec le Portugal avez-vous utilisé ?

RT : En tant que maître de conférences, j’ai normalement des cours à donner. Pour pouvoir passer 1 an à l’ISA, il m’a fallu obtenir une décharge d’enseignement. J’ai candidaté à deux dispositifs : le CRCT, tout d’abord, à la fois au niveau local (mon université) et au niveau national (CNU), et également la délégation CNRS. J’ai obtenu 6 mois de décharge par le CNU et 1 an par le CNRS.

GM : Étant chercheur au CNRS et sans obligation d’enseignement, mes démarches ont été plus simples. J’ai fait une demande de mission longue auprès du CNRS. Cette demande a été examinée a différents niveaux (directeur de mon laboratoire, agent de prévention, médecin du travail, direction du CNRS) et acceptée.

Quels mécanismes financent aujourd’hui votre séjour au Portugal ?

Nous ne disposons d’aucun financement supplémentaire ; nous n’en avons pas fait la demande. Nous avons amené nos ordinateurs avec nous et avons utilisé nos financements en France pour l’achat de petits matériels informatiques sur place. Nous n’avons pas eu besoin de chercher un logement, ce qui est un souvent le facteur limitant dans ce genre de projet d’expatriation et qui nécessite en effet d’obtenir des financements.

Comment se passe le début de votre séjour, sur le plan scientifique mais aussi sur le plan humain ?

Notre séjour à l’ISA se passe très bien. Nous avons été bien accueillis et les collaborations sur place se mettent en place. Le Portugal est un pays formidable. La qualité de vie y est excellente et nous aimons beaucoup vivre ici.

Quelles sont vos perspectives d’évolution de cette coopération ? Pensez-vous par exemple candidater à des structures de coopération du CNRS (comme les Laboratoires de recherche internationaux, anciennement LIA Lab de Recherche Associés) ?

Si la collaboration prend, on pourra envisager de déposer des demandes de financements communes, par exemple des demandes de financements ANR internationales. D’autres demandes pour financer des déplacements ou pour structurer la coopération pourrait être intéressantes. Un autre aspect qui nous intéresserait de développer est la coopération au niveau de l’enseignement. Notre laboratoire est très reconnu dans un domaine de compétence qui s’appelle la bioinformatique. Il propose d’ailleurs un Master dans ce domaine. Les profils en bioinformatique sont très demandés à l’heure de la génomique et du big data, à la fois dans la recherche publique et le privé. Nous souhaiterions travailler pour que des ponts soient mis en place entre les deux pays (plus spécifiquement les deux villes, Lyon et Lisbonne) dans ce domaine de formation. Nous comptons d’ailleurs sur le service de coopération de l’ambassade de France pour nous aider dans cette démarche !

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